Die Kongorees wurden erstmals von den Europäern im 16. Jahrhundert angetroffen. 1562 besuchte der spanische Entdecker Juan Pardo ihr Dorf, das er als auf einem hohen Bluff mit Blick auf den Fluss bezeichnete. Die Kongorees waren freundlich gegenüber den Spanier und gaben ihnen Essen und Vorräte.
Im frühen 17. Jahrhundert wurden die Kongorees von den Irokesen angegriffen, die ihr Territorium erweitern wollten. Die Kongorees mussten ihr Dorf verlassen und weiter nach Süden ziehen. 1670 ließen sie sich am Santee River nieder, wo sie die nächsten 50 Jahre lebten.
1715 wurden die Kongorees erneut von den Irokesen angegriffen, die mit den Briten verbündet waren. Die Kongorees wurden besiegt und ihr Dorf zerstört. Die Überlebenden flohen zu den Waxhaws, die eine in North Carolina lebende Catawba -Untergruppe waren.
Die Kongorees haben sich schließlich in den Catawba -Stamm aufgenommen, und ihre Sprache und Kultur gingen verloren. Ihr Name ist jedoch noch in den Namen mehrerer Orte in South Carolina, einschließlich Congaree National Park und The Congaree River, in Erinnerung gerufen.