Die Schätzungen zur Gesamtpopulation der Kaiserpinguine gehen weit auseinander. In den 1980er und frühen 1990er Jahren lagen die Populationsschätzungen bei etwa 400.000 bis 500.000 Brutpaaren. In jüngerer Zeit haben Forscher eine höhere Populationsschätzung vorgeschlagen, die zwischen etwa 600.000 und 800.000 Brutpaaren liegt, was etwa 1,2 Millionen bis 1,6 Millionen einzelnen Kaiserpinguinen entspricht.
Es ist wichtig zu beachten, dass diese Bevölkerungsschätzungen auf wissenschaftlichen Untersuchungen, Modellen und Satellitenbildanalysen basieren, es jedoch weiterhin schwierig ist, genaue Zahlen für diese abgelegenen antarktischen Populationen zu erhalten. Die Verbreitung von Kaiserpinguinkolonien und ihre Brutmuster, die häufig auf Meereis vorkommen, machen umfassende Zählungen zu einer Herausforderung.