Am Ende von Shadow the Hedgehog wird Black Doom besiegt und in den Black Comet geworfen, der anschließend zerstört wird. Später stellt sich jedoch heraus, dass Black Doom überlebt hat und nun Rache an Shadow und dem Rest der Welt plant.
Im Nachfolgespiel Sonic the Hedgehog (2006) kehrt Black Doom als Hauptgegner zurück. Er führt eine Invasion der Menschenwelt an und versucht, mit den Chaos Emeralds eine Waffe namens Eclipse Cannon anzutreiben. Shadow und seine Freunde können Black Doom aufhalten und die Eclipse Cannon zerstören, aber Black Doom selbst entkommt.
Das endgültige Schicksal von Black Doom ist unbekannt, aber es ist wahrscheinlich, dass er getötet wurde, als der Schwarze Komet zerstört wurde. Allerdings hätte er auch überleben und möglicherweise in einem zukünftigen Spiel zurückkehren können.