1. Lebensraumverlust: Die Hauptursache für den Rückgang der Schwarzfußfrettchenpopulationen ist die Zerstörung ihres Präriegraslandlebensraums. Die Umwandlung dieser Gebiete für Landwirtschaft, Urbanisierung und Ressourcenentwicklung hat zu einer erheblichen Verringerung des verfügbaren Lebensraums für Präriehunde und in der Folge auch für Schwarzfußfrettchen geführt.
2. Vergiftung: Von der Regierung geförderte Raubtierbekämpfungsprogramme zur Ausrottung von Präriehunden beinhalteten häufig den Einsatz von Giften wie Strychnin und Zyanid. Diese Gifte wurden in Höhlen von Präriehunden eingesetzt und wirkten sich häufig negativ auf Nichtzielarten wie das Schwarzfußfrettchen aus, was zu einer Verringerung der Anzahl dieser Tiere führte.
3. Krankheit: Die Sylvatische Pest, eine durch das Bakterium *Yersinia pestis* verursachte Krankheit, ist bei Schwarzfußfrettchen hochansteckend und hat zu starken Populationsrückgängen geführt. Obwohl die Krankheit in einigen Gebieten Nordamerikas beheimatet ist, wurde sie von europäischen Siedlern und ihrem Vieh verbreitet. Die Anfälligkeit von Schwarzfußfrettchen für die Pest ist einer der Hauptfaktoren, die ihre Genesung einschränken.
4. Jagd und Fallenstellen: Schwarzfußfrettchen wurden in der Vergangenheit vor allem wegen ihres Fells gejagt und gefangen. Dies trug nicht wesentlich zu ihrer Gefährdung bei, verstärkte jedoch die kumulativen Auswirkungen anderer Faktoren.
5. Konkurrenz und Raub: Veränderungen im Prärieökosystem, wie der Rückgang der Präriehunde und das Vordringen von Kojoten, haben sich auf Schwarzfußfrettchen ausgewirkt. Kojoten und Haushunde jagen Schwarzfußfrettchen, während der Rückgang der Präriehundkolonien die Verfügbarkeit geeigneter Höhlen, Nahrung und Deckung für die Frettchen beeinträchtigt.
Es wurden Anstrengungen unternommen, um das Schwarzfußfrettchen durch Zuchtprogramme in Gefangenschaft, Wiederansiedlungen und Initiativen zur Erhaltung des Lebensraums zu erhalten und wiederherzustellen. Aufgrund der anhaltenden Herausforderungen durch Lebensraumverlust, Krankheiten und Raubtiere ist die Art jedoch weiterhin stark gefährdet und anfällig für einen weiteren Bevölkerungsrückgang.