Pestizideinsatz: In der Landwirtschaft eingesetzte Pestizide können Seggenzaunkönige und ihre Nahrungsquellen wie Insekten und Samen töten.
Klimawandel: Der Klimawandel führt zu Veränderungen im Zeitpunkt der Schneeschmelze im Frühling und in der Häufigkeit extremer Wetterereignisse, was die Brut- und Brutzeit des Seggenzaunkönigs beeinträchtigen kann.
Nesträuber: Seggenzaunkönig-Nester sind anfällig für Raubtiere durch Schlangen, Nagetiere und andere Tiere. Die Nestprädation kann durch die Fragmentierung des Lebensraums und den Verlust natürlicher Raubtiere, die diese Raubtiere in Schach halten, verschärft werden.