Phycoerythrin erscheint rot, da es Licht hauptsächlich im blaugrünen Bereich des Spektrums absorbiert (ein Höhepunkt von 495 nm Wellenlänge) und rotes Licht reflektiert. Dieses Pigment spielt eine Rolle bei der Photosynthese, indem es effizient Lichtenergie aus dem blaugrünen Teil des Spektrums erfasst und auf Chlorophyll A, das primäre photosynthetische Pigment, übertragen wird. Durch die Maximierung der leichten Absorption ermöglicht Phycoerythrin Algen, in tiefem Wasser oder schattigen Umgebungen, in denen blaugrünes Licht einigermaßen gut eindringt, effizient in einem tiefen Wasser zu photosynthetisieren.
Zusammen mit Phycoerythrin tragen auch andere Phykobiliproteine wie Phycocyanin (erscheinen blau) und Allophycocyanin (erscheinen blaugrün) zu den lebendigen Farben bei, die bei verschiedenen Algenarten beobachtet wurden.