Während der Brutzeit ernähren sich kleine Auks hauptsächlich von Zooplankton, einschließlich Copepods, Amphipods und Krill. Sie essen auch einige kleine Fische wie Sandlanze und andere Wirbellose wie Tintenfisch und Garnelen.
Im Winter, wenn Zooplankton weniger reichlich vorhanden ist, wechseln kleine Auks auf eine Diät, die hauptsächlich aus kleinen Fischen wie Capelin, Sandlanze und Hering besteht. Sie essen auch einige Wirbellose wie Tintenfisch und Garnelen.
Little Auks sind opportunistische Feeder und nutzen jede verfügbare Nahrungsquelle. Es ist bekannt, dass sie Insekten, Beeren und sogar kleine Säugetiere essen.