Seepferdchen haben viele Raubtiere, darunter Thunfisch, Schwertfische, Haie, Delfine, Strahlen, Robben, Vögel, Krabben, Garnelen, Hummer, Oktopus, Seebass, Zackenbarsch, Barrakuda, Puffers, Triggerfische, Aale, Flunder und Quallen. Diese Raubtiere richten sich nach Seepferdchen aufgrund ihrer geringen Größe und einer begrenzten Fähigkeit, sich zu verbergen oder sich zu verteidigen. Einige Seepferdchenarten sind auch stark durch den illegalen Aquariumhandel angegriffen, was ihre Bevölkerung weiter bedroht. Da Seepferdchen häufig flache Küstengewässer in der Nähe des Ufers bewohnen, stehen einige Arten zusätzliche Bedrohungen aus der Küstenentwicklung aus, die zur Zerstörung und Störung von wesentlichen Nahrungsketten, auf die sie sich verlassen, zur Zerstörung und Störung von Lebensräumen führen. Erhaltungsbemühungen für Seepferdchen werden daher zunehmend kritisch, um ihr Überleben zu gewährleisten.