Während des Paarungsprozesses legt die weibliche Seepferdchen ihre Eier in einen Brutbeutel an der Unterseite des Bauches des Mannes ein. Der Mann befruchtet dann die Eier und trägt sie, bis sie schlüpfen können, und versorgt ihnen Nährstoffe und Schutz. Die Schwangerschaftszeit variiert zwischen Seepferdchenarten, kann jedoch von einigen Wochen bis zu mehreren Monaten liegen.
Sobald die Eier schlüpfen, bringt der Mann jung lebend, die als "Fry" bezeichnet werden. Die Fry sind vollständig gebildet und unabhängig von der Geburt und erhalten keine weitere Pflege von ihren Eltern. Sowohl männliche als auch weibliche Seepferdchen können sich während ihrer gesamten Lebensdauer mehrmals paaren und reproduzieren.