Kaiserpinguine bauen ihre Nester in Form von „Huddles“, d. h. dicht gedrängten Gruppen von Individuen, die sich zusammendrängen, um Wärme und Schutz vor dem extremen antarktischen Wetter zu erhalten. Die Größe dieser Gruppen kann zwischen einigen Dutzend und mehreren Tausend Pinguinen variieren.
Innerhalb der Gruppen bauen Kaiserpinguine aus Schnee und Eis einzelne Nester. Sie kratzen eine flache Vertiefung in den Schnee und kleiden sie mit Federn aus. So bilden sie ein einfaches, aber effektives Nest, in dem sie ihre Eier aufbewahren können. Die Nester haben typischerweise einen Durchmesser von 10 bis 12 Zoll und sind nur wenige Zoll tief.
Es ist wichtig zu beachten, dass Kaiserpinguine die einzigen Pinguinarten sind, die ihre Eier im Winter legen. Die meisten anderen Pinguinarten brüten in den wärmeren Sommermonaten.