Aus dem Magen bewegt sich das Chyme in den Dünndarm, der der längste und komplexeste Teil des Verdauungssystems ist. Hier findet der Großteil der Nährstoffabsorption statt, da das Chyme mit Verdauungsenzymen gemischt wird, die von der Bauchspeicheldrüse wie Amylase, Lipase und Protease und von der Leber produzierten Gallen produziert werden. Diese Enzyme zerlegen komplexe Kohlenhydrate, Fette und Proteine in einfache Zucker, Fettsäuren bzw. Aminosäuren. Die Wände des Dünndarms enthalten winzige, fingerartige Projektionen, die als Zotten bezeichnet werden und die Oberfläche für die Nährstoffabsorption erhöhen.
Das unverdaute Material, das nach der Nährstoffabsorption in den Dickdarm bewegt wird, das aus Dickdarm und Rektum besteht. Der Dickdarm absorbiert Wasser und Elektrolyte und wandelt das verbleibende Chym in feste Abfälle um. Das Rektum speichert den festen Abfall, bis er während des Defäkationsprozesses durch den Anus aus dem Körper beseitigt werden kann.