Im Allgemeinen zeigen Fruchtfledermäuse Polygynie, in denen Männer mit mehreren Frauen passen. Frauen bilden nach einer Schwangerschaftszeit, die normalerweise mehrere Monate dauert, einen einzelnen Welpen. Die Welpen werden mit geschlossenen Augen geboren und sind von ihrer Mutter für Essen und Fürsorge angewiesen. Sie lernen, innerhalb weniger Monate alleine zu fliegen und zu suchen und im Alter von etwa einem Jahr die sexuelle Reife zu erreichen.
Einige Fruchtfledermausarten wie die strohfarbene Obstfledermaus (Eidolon Helvum) zeigen eine synchronisierte Züchtung, in der eine große Anzahl von Individuen gleichzeitig geboren wird. Es wird angenommen, dass dies eine Anpassung ist, um das Risiko einer Prädation bei schwangeren Frauen und jungen Welpen zu verringern.