Seit der Zeit von Whittaker haben Fortschritte in der molekularen Biologie und Genetik jedoch zu einem tieferen Verständnis der evolutionären Beziehungen zwischen Organismen geführt. Infolgedessen argumentieren einige Biologen, dass das Fünf-Kingdom-System zu simpel ist und die Vielfalt und Komplexität des Lebens auf der Erde nicht genau widerspiegelt.
Eine der Hauptkritikpunkte des Fünf-Kingdom-Systems ist, dass es in erster Linie auf morphologischen und ökologischen Merkmalen und nicht auf evolutionären Beziehungen beruht. Dies kann zu künstlichen Gruppierungen von Organismen führen, die nicht eng miteinander verbunden sind. Zum Beispiel ist das Protista-Königreich eine Kategorie für die All-Cat-Kategorie, die eine Vielzahl von Organismen enthält, die keinen gemeinsamen Vorfahr haben.
Eine weitere Kritik am Fünf-Kingdom-System ist, dass es zu starr ist. Es ermöglicht keine einfache Unterbringung neuer Entdeckungen und spiegelt nicht die dynamische Natur der evolutionären Beziehungen wider.
Als Alternative zum Fünf-Kingdom-System schlagen einige Biologen vor, ein flexibleres Klassifizierungssystem basierend auf evolutionären Beziehungen zu verwenden. Dieser als phylogenetische Systematik bekannte Ansatz verwendet molekulare Daten, um phylogenetische Bäume zu konstruieren, die die evolutionären Beziehungen zwischen Organismen zeigen. Phylogenetische Bäume können verwendet werden, um monophyletische Gruppen zu identifizieren, die Gruppen sind, die einen gemeinsamen Vorfahren und alle Nachkommen umfassen.
Die Verwendung der phylogenetischen Systematik hat zur Erkennung neuer Gruppen von Organismen und zum überarbeiteten Verständnis der evolutionären Beziehungen zwischen lebenden Organismen geführt. Zum Beispiel führte die Entdeckung der Archaea, einer Gruppe einzelliger Organismen, die sich sowohl von Bakterien als auch von Eukaryoten unterscheiden, zum Vorschlag eines Klassifizierungssystems mit sechs Kassen.
Zusammenfassend argumentieren einige Biologen, dass das Konzept von fünf Königreichen veraltet ist und dass komplexere Klassifizierungssysteme notwendig sind, um die Vielfalt und Entwicklung des Lebens besser zu verstehen.