Fisch ist die Hauptnahrung des Weißkopfseeadlers und er ernährt sich besonders gern von Lachs, Forelle und Wels. Normalerweise fangen Adler Fische, indem sie aus großer Höhe ins Wasser springen und sie mit ihren Krallen fangen. Sie können auch anderen Vögeln oder Tieren Fisch stehlen.
Neben Fisch fressen Weißkopfseeadler auch kleine Säugetiere wie Kaninchen, Eichhörnchen und Streifenhörnchen. Sie können auch Vögel wie Enten, Gänse und Möwen fressen. Normalerweise fangen Adler Säugetiere und Vögel, indem sie sie von einer Sitzstange aus angreifen oder ihnen im Flug nachjagen.
Gelegentlich fressen Weißkopfseeadler auch Reptilien wie Schlangen und Schildkröten. Normalerweise fangen sie Reptilien, indem sie sie mit ihren Krallen schnappen, während sie sich in der Sonne aalen, oder indem sie sie aus Höhlen ausgraben.
Weißkopfseeadler sind opportunistische Raubtiere und fressen jede Beute, die ihnen zur Verfügung steht. Sie sind keine besonders wählerischen Esser und fressen alles von Fisch über Säugetiere und Vögel bis hin zu Reptilien.