In Weißkopfseeadlern sind die primären Ausscheidungsorgane die Nieren. Die Nieren spielen eine wichtige Rolle bei der Filtern von Abfallsubstanzen wie Harnstoff und Kreatinin aus dem Blutkreislauf. Diese Abfallprodukte werden dann in die Cloaca transportiert, eine gemeinsame Kammer für die Verdauungs-, Harn- und Fortpflanzungssysteme. Aus der Kloaka werden die Abfallprodukte in Form von Urin aus dem Körper eliminiert.
Zusätzlich zu den Nieren spielt die Leber auch eine bedeutende Rolle bei der Entgiftung und Eliminierung von Stoffwechselabfällen in Weißkopfseeadlern. Die Leber wandelt giftige Substanzen in weniger schädliche Formen um, die dann effizienter ausgeschieden werden können. Die Leber spielt auch eine Rolle bei der Herstellung von Galle, was dazu beiträgt, Fette zu verdauen und Abfallprodukte durch die Kot zu beseitigen.